Коллекции музея изначально складывались как дополнительные пособия для использования на уроках природоведения, истории, краеведения и др. В фондах музея хранятся подлинные артефакты – от скребков эпохи неолита до личных документов времен Великой Отечественной войны. В отдельном помещении воссоздан фрагмент «Дома рабочего горнозаводского округа Урала конца ХIX - начала XX вв. – уникальное собрание подлинников в интерьерном решении.
Музей развивается по следующим направлениям:
- История родного края (геология, этнография и др.);
- Судьба семьи – в судьбе страны (Екатеринбург и Урал в годы Великой Отечественной войны, в послевоенные годы и постсоветский период);
- «От Филипка до Корифея» - история создания и становления гимназии» (1991–2016 гг.).
В настоящее время основные коллекции находятся на площадке «Корифей-Шарташский», но части экспозиции размещены в обоих зданиях; организуются тематические выставки и музейные занятия.